Il sistema PEFC è nato come iniziativa volontaria del settore privato e senza fini di lucro, che ha avuto origine da una serie di incontri dei rappresentanti di proprietari forestali di alcuni Paesi promotori (Austria, Finlandia, Francia, Germania, Norvegia e Svezia). Nel corso delle successive riunioni, il gruppo originario ha visto la partecipazione di altri Paesi e le richieste di adesione sono progressivamente aumentate.

I sistema implica la costituzione di una struttura (Ente di gestione) nazionale PEFC nei diversi Paesi europei la quale, su invito dei proprietari forestali, deve coinvolgere tutte le rilevanti parti interessate (organizzazioni professionali, federazioni, ecc..). Gli Enti di 13 Paesi europei hanno quindi fondato l'associazione denominata Programma per il riconoscimento di schemi nazionali di Certificazione Forestale.

Il PEFCC (Programme for Endorsement of Forest Certification schemes) è composto dalla Segreteria, dall'Assemblea generale e dal Consiglio di Amministrazione. Il compito degli Enti nazionali è di elaborare e mettere in atto a livello nazionale uno schema di certificazione. Ciascun Forum nazionale invia un delegato all'Assemblea generale, l'organo supremo del PEFCC. A seconda delle dimensioni dell'organismo nazionale, il delegato avrà diritto ad utilizzare da uno a tre voti; anche il contributo associativo corrisposto dai membri dipende dalle dimensioni del Forum nazionale.

L'Assemblea generale elegge il Consiglio di Amministrazione e decide circa le sue proposte. Nel Consiglio viene garantita la presenza di un seggio rispettivamente per le associazioni ambientaliste, per i rappresentanti sindacali e per i rivenditori al dettaglio. Il PEFCC determina le condizioni base e i requisiti minimi che uno schema nazionale di certificazione deve rispettare per poter ottenere il mutuo riconoscimento nell'ambito del sistema. Gli schemi di certificazione nazionali sono soggetti a controllo relativamente all'adempimento di quanto previsto dai requisiti da parte del PEFCC, il quale tuttavia non effettua in sé certificazioni. Queste rimangono di esclusiva competenza di enti di certificazione accreditati che operano a livello nazionale.

Membri ordinari sono al momento 14 Paesi, con i rispettivi organismi di gestione (o gruppi di lavoro) nazionali. Numerosi altri Paesi partecipano attivamente al processo e auspicano di aderirvi in futuro. Oltre ai membri ordinari vi sono 5 organizzazioni internazionali che supportano il sistema PEFC, in veste di membri straordinari. Tra questi vi sono la federazione europea dei proprietari forestali (Confederation Européenne des Propriétaires Forestiers - CEPF) e quella dei proprietari fondiari (European Landowners' Organisation - ELO), le organizzazioni europee dell'industria di lavorazione del legno (CEI Bois), dell'industria cartaria (Confederation of European Paper Industries - CEPI) e del commercio del legno (FEBO). La Finlandia e la Svezia sono stati i primi Paesi ad aver sottoposto i propri sistemi nazionali di certificazione al PEFCC per l'approvazione.

Il PEFCC ha organizzato seminari divulgativi in vari Paesi europei ed ha predisposto un sito sulla rete Internet (http://www.pefc.org) quale strumento di comunicazione e diffusione della documentazione e delle attività in corso.

Le tappe fondamentali sono finora consistite nella stesura di un "Documento tecnico", comprensivo di una serie di allegati che precisano i principi guida, gli obiettivi, gli scopi, i livelli di applicazione e le procedure di adesione, mentre lo "Statuto" fissa la struttura organizzativa, le regole amministrative e quelle di partecipazione all'associazione.